En septiembre de 1913, el Padre Eustace ingresó en el Noviciado de la Congregación de los Sagrados Corazones en Tremelo, Bélgica. Comenzó su noviciado bajo la supervisión del Padre Medardo Kaiser y adoptó el nombre de Frater Eustace.

El padre Gil van den Boorgart, compañero misionero del padre Eustace, dijo una vez: “El noviciado que siguió a su paso por nuestra Escuela Apostólica se realizó en Tremelo, en la misma casa natal del mencionado Padre Damián, que fue convertida en noviciado; esta casa se encuentra en territorio belga. En 1914, Bélgica fue invadida por los alemanes, y el noviciado en esa ciudad cesó. El joven Hubert tuvo que interrumpir su noviciado y regresar a casa, pero no le gustó, prefiriendo estar en la rectoría vecina, con su ambiente eclesiástico. Esta situación no duró mucho, ya que tuvo que reanudar su noviciado, lo cual hizo y completó en la misma casa donde había estudiado, ya que la Escuela Apostólica a la que había asistido había sido trasladada de allí a otra ubicación.“", concluyó el padre Gil.

En enero de 1915, Eustáquio profesó sus votos temporales y, en septiembre del año siguiente, comenzó sus estudios de Teología. Dos años después, en 1918, profesó sus votos perpetuos.

En mayo de 1919 recibió el orden diaconal y tres meses más tarde la ordenación sacerdotal, en Ginneken.

“Estuve presente en la ordenación sacerdotal y fui quien pronunció el sermón en la primera misa. Por lo tanto, puedo afirmar que, en la alegría general de aquellos momentos, nada destacó como excepcional. Noté que sus padres estaban muy conmovidos y lloraban de alegría.” (Padre Gil)