Desde que el Padre Eustáquio llegó a Brasil, su fama como misionero de la salud y la paz creció. Dondequiera que iba, miles de personas lo buscaban para pedirle oraciones por la curación de sus enfermedades. Con el testimonio de cientos de gracias recibidas, el nombre del beato llegó a cada vez más personas.

Cuando se encontraba en Poá, São Paulo, el pequeño pueblo no daba cabida a la cantidad de personas que buscaban al sacerdote holandés. Ante el aumento diario de personas, en mayo de 1941, las autoridades civiles y religiosas decidieron que el Padre Eustáquio debía ser exiliado para evitar la aglomeración de quienes lo buscaban. Fue enviado a una hacienda en la ciudad de Rio Claro/SP, y su nombre fue cambiado a Padre José.

El Padre Eustaquio aceptó el cambio, demostrando obediencia y humildad. En una carta escrita por el Beato a su superior, relata:

“En cuanto al escondite, ¡creo que no se podría encontrar uno mejor! Aquí no veo ni oigo nada. Me escondo lo más que puedo del mundo exterior, pero si, aun así, Su Reverencia prevé dificultades o considera necesario que me vaya, no dude en enviarme. No temo morir ni en tierra ni en el mar, pero deseo morir como sacerdote. No tengo apego a nada, ni siquiera a mis pacientes, pues siempre puedo rezar por ellos. Sin embargo, me someto de antemano a lo que las autoridades decidan sobre mí.”

Pero el exilio duró poco; una vez más, el Padre Eustáquio fue descubierto, la hacienda fue invadida por cientos de personas y la situación se volvió cada vez más difícil. A partir de entonces, el Bendito vivió una verdadera peregrinación, pasando por Campinas, S.A., Río de Janeiro, R.J., y São Paulo, S.A., hasta que fue trasladado a Patrocínio, MG, donde llegó en octubre de 1941.