A principios de 1941, mientras aún se encontraba en Poá, São Paulo, el padre Eustáquio atrajo la atención de miles de personas que buscaban su bendición. Por ello, las autoridades civiles y religiosas ordenaron su exilio. Inicialmente, se trasladó a una hacienda en Rio Claro, en el interior de São Paulo, pero tras ser descubierto tiempo después, tuvo que ser trasladado varias veces más.

Al padre Eustáquio se le prohibió trabajar en los principales centros de Brasil. Su refugio se convirtió en el convento de los sacerdotes de Patrocínio, en la región del Alto Paranaíba de Minas Gerais, en el entonces Gimnasio Dom Lustosa, a partir del 13 de octubre de 1941. La capilla de Santa Luzia fue su campo de trabajo, pero con serias restricciones. Solo podía atender a la gente y dar bendiciones en el confesionario, donde pasaba de siete a ocho horas diarias. Sin quejarse, el padre Eustáquio aceptó todas las condiciones. En Patrocínio, experimentó un renovado vigor. Pero permaneció allí solo cuatro meses, de octubre de 1941 a febrero de 1942.

En diciembre de 1941 escribió sobre algunas de sus experiencias en la ciudad: “Asistí al retiro y tuve la alegría de poder cuidar intensamente mi alma y, especialmente, recomendar las intenciones que tanta gente me pide. Gracias a Dios, cada día presencio conversiones. Veo a personas que durante años vivieron alejadas de Dios y de la Iglesia regresar a los brazos de nuestro Divino Maestro. ¡Cuánto debe rebosar de verdadera alegría el Corazón de Jesús! Y no me siento menos feliz con tantas resurrecciones espirituales. Ganar almas, aliviar el dolor y el sufrimiento, ese es mi gran ideal, inspirado por Dios.”.

Después de Patrocínio, el padre Eustáquio ejerció como párroco temporal en Ibiá, en la misma región. Permaneció allí dos meses y luego partió hacia Belo Horizonte.