El padre Janssen aconsejó a los padres del padre Eustaquio que lo enviaran a la escuela latina de Germet, donde permaneció un año y medio.

En la escuela, Eustáquio encontró un pequeño libro sobre la vida del Padre Damián de Molokai y se sintió inspirado por él a vivir una vida misionera dedicada a los más necesitados.

En testimonio ante el Tribunal de la Causa de Beatificación y Canonización del Padre Eustaquio, en 1962, el Padre Gil relató:

“En cuanto al período previo a su ingreso al Seminario, solo puedo decir que el muchacho, en un ambiente de profunda religiosidad, practicaba actos de piedad, como peregrinaciones a santuarios donde se rezaba el rosario en voz alta; esto no puede considerarse característico, pues era común en esa población. Puedo dar fe de ello, pues conozco bien la región de donde provenía el Padre Eustáquio, que también es la mía..” (Padre Gil)

En septiembre de 1905, Eustáquio ingresó en el Seminario Menor de los Sagrados Corazones, Instituto Padre Damião, en Grave, y en 1913 completó sus estudios secundarios en la institución.