La solución encontrada por los superiores del Padre Eustáquio fue retirarlo de la parroquia de Poá-SP a partir del 13 de mayo de 1941. Las autoridades civiles y religiosas determinaron su destierro a una hacienda en la ciudad de Rio Claro-SP, y el cambio de su nombre a Padre José, lo que él aceptó, demostrando obediencia y humildad.

Descubierto, se fue a otros lugares. Su refugio se convirtió entonces en el convento de los sacerdotes de Patrocínio, Minas Gerais, en lo que entonces era el Gimnasio D. Lustosa, a partir del 13 de octubre de 1941. Después, antes de partir hacia la capital de Minas Gerais, fue enviado como párroco provisional a la ciudad de Ibiá, Minas Gerais. Allí, aunque no cumplió ni dos meses, dejó atrás el proyecto de la Santa Casa que hoy lleva su nombre. Tras su llegada a Ibiá, toda la zona de Araxá, São Gotardo, Campos Altos, Tiros, Pratinha… lo buscó.