Fue el 31 de enero de 1949, con la finalización de la nueva iglesia de los Sagrados Corazones, diseñada por el propio Padre Eustáquio, que sus restos mortales fueron trasladados del Cementerio de Bonfim a la nueva iglesia.

Durante la construcción del templo, se reservó un espacio justo a la entrada de la iglesia para recibir los restos mortales del sacerdote. Días antes del traslado de los huesos, una comisión compuesta por sacerdotes de la Congregación y expertos acudió al Cementerio de Bonfim para abrir la tumba y realizar la exhumación. Todo fue registrado por la prensa de la época.

El día 31, las reliquias del Santísimo fueron trasladadas a la nueva Parroquia de los Sagrados Corazones. Hubo un momento de oración con la participación de dos hermanos del Padre Eustáquio, quienes vinieron desde Holanda para acompañar todo el proceso. Posteriormente, se depositó allí la urna con los restos mortales, la cual permaneció hasta 2007, cuando se construyó el nuevo Memorial, anexo a la iglesia.