O Processo de Canonização do Beato Padre Eustáquio teve início em 1956, com a nomeação do Padre Alfredo Elfrink, SS.CC., para o cargo de vice postulador da Causa. Em 22 de junho de 1962, foi instituído o Tribunal Eclesiástico que se ocuparia da Fase Diocesana do Processo. Já em 3 de setembro de 1964, foi concluído o processo de análise dos escritos do Beato, constatando que não havia nada que inviabilizasse a continuidade da investigação de suas virtudes. No dia 23 de agosto de 1966, ocorreu o encerramento da Fase Diocesana e, logo após, ainda no mesmo ano, o Padre Alfredo Elfrink, SS.CC., levou para Causa dos Santos, em Roma, todo o material com os inúmeros depoimentos recolhidos em diversos estados do Brasil, bem como na Holanda. Após o Concílio Vaticano II, houve um período de 12 anos de interrupção no processo de canonização, enquanto se aguardavam novas orientações. Em 1982, Dom João de Resende Costa solicitou a reabertura do Processo de Canonização, que foi oficialmente retomado em 19 de março de 1983. Em 19 de março de 1987, o Dicastério para a Causa dos Santos, no Vaticano, aprovou o processo, e o Padre Eustáquio foi reconhecido como Servo de Deus. Em 12 de novembro de 1997, Padre Angel Lucas, SS.CC., foi indicado para conduzir os trabalhos de análise de um milagre ocorrido em 1962: a cura de um câncer, ocorrida em 1962, por intercessão do Padre Eustáquio, em favor do Padre Gonçalo Belém. Em 1998, o processo do milagre foi concluído e enviado para Roma. Em 12 de abril de 2003, o Papa São João Paulo II reconheceu a heroicidade das virtudes do Padre Eustáquio, atribuindo-lhe o título de Venerável. Com a comprovação técnica e teológica do milagre, em 15 de junho de 2006, o então Venerável Padre Eustáquio van Lieshout, presbítero da Congregação dos Sagrados Corações, foi declarado Beato pelo Papa Bento XVI.